Ханқорғанның тарихы сонау Ұлы Жібек жолы дәуірінен басталады. Сайрам ауданы, бұрынғы Мәдени елді мекені іргесіндегі Арыс өзенінің сол жағалауындағы Ханқорған төбесі — қазақ халқының біртұтастығын сақтау жолында бар өмірін сарп еткен Абылай ханның Оңтүстік өңірдегі ордасы болған. Осынау жердің табиғаты әсем, топырағы құнарлы, Арыс, Машат, Ақсу өзендерінің арасында орналасқандығы стратегиялық жағынан қолайлы екендігін көрсетеді. Арыс өзенін бойлай батысқа қарай бағыт алған Ұлы Жібек жолының үстінде орналасқандығына көз жеткізуге болады. Жібек жолын бойлаған төбелердің басына қараңғыда немесе ауа-райының бұлтты, тұманды кезінде от жағып қойылатын болған, ол жол көрсетуші қызметін атқарған.
Жалпы, төбелердің басым бөлігі Жібек жолында сауда-саттық қызған дәуірде қолдан тұрғызылған. Арыс мәдениетінің Қарауылтөбе кезеңі (б.з.б. IVғ.-Iғ.), Қаратөбе кезеңі (б.з.б. I.-V ғасырлар.), Алтын төбе кезеңі (б.з. IV.-VIғасырлар) деп бөлінетіндігін археолог-ғалым А.Н.Подушкин өз еңбегінде жан-жақты көрсеткен. Ғалымның айтуынша, Ханқорған Арыс мәдениетінен кейінгі кезеңде Қарахандар мемлекеті дәуірінде (942-1213 жылдар) тұрғызылған дейді. Қорғаннан Қарахандар дәуірінің керамикалық бұйымдары табылған және қамал қорғанының ертедегі құрылыс нысаны болғанын көрсетеді.
Қоршау қабырғасының қабаты үсті-үстіне қабат-қабат салынған. VIII-XII ғасырларда пайда болған. Биіктігі 8-12 метрді құрайды. Көлемі 2-2,5 гектарды алып жатыр. Қорған қаланың цитаделі-орталық бөлігі саналады. Цитадельдің төңірегінде көптеген рабадтар-елді мекендер болған екен.
Ханқорғанда металл ерітетін ошақтың табылуы онда отпен ататын қару жасалды деген болжамды туғызады. Жоңғарлар осы маңызды өндіріс орнын қалайда алуды көздегені анық. Демек, қиян-кескі шайқас болды деуге толық негіз бар. Бірақ, ол 1723 жылы емес, 1684 немесе 1690,1693 жылдар болуы әбден мүмкін. «Ханқорғанның соңғы ерлік шайқасы» кезінде үш мыңнан астам адам опат болыпты. Маңындағы елді мекендер аяусыз тоналған.
Абылай хан Ханқорғандағы оқиғаны есіткен, оны мақтаныш еткен деуге негіз бар. Қорған Түркістан мен Көкшетау аралығындағы жолдың торабында екендігін анықталған.
Ханқорған көне қалашығының орнындағы қазба жұмыстары Қазақ хандығының 550 жылдығы қарсаңында басталған болатын. Археологтар дәл осы маңда XVIII ғасырда Абылай хан ордасын құрып, осында қайтыс болғанына сенімді. Бұған дейін дәл осы қалашық орнында Маданкент деген қала болған.«Бұл қала бірнеше кезеңді өткерген. Ең алғашында V-VI ғасырларда Батыс Түрік қағанатының құрамында болды. Одан кейін жүз жылдай қаңырап бос тұрып, IX ғасырда Саманидтер мен Қараханидтердің тұсында қайта гүлденді. Моңғолдардан кейін қайта бос қалып, Әмір Темір билігі тұсында тағы өркендеді. Ал, қаланың соңғы кезеңі Абылай ханның билік құрған уақытына тұспа-тұс келеді. Яғни, XVIII ғасырда Абылай ханның ордасы дәл осы қалашық орнында құрылған»,- дейді ҚР Археология институтының бас директоры Бауыржан Байтанаев.
Ханқорғанның аумағы 3 гектар жерді алып жатыр. Адайда, Маданкент болған кезде оның территориясы әлдеқайда үлкен болған. Қызығы сол, Қазақстан аумағындағы ең үлкен көне моншаны сайрамдық тұрғындар заңсыз құрылыс жүргізу кезінде анықтапты.Моншаның аумағы 64 шаршы метр. Ол 5 бөлмеден тұрады. Арнайы кәріз құбыры бар. Археологтардың пікірінше, монша тоғызыншы ғасырда тұрғызылған және жүз жылдай уақыт жергілікті тұрғындарға қызмет еткен.
2017 жылдың қазан айында бұрынғы облыс әкімі Ж.Түймебаев тарихи орынға арнайы келіп, рухани жаңғыру жолында осынау шежірелі жерді қайта зерттеу мен абаттандыру жұмыстары жүргізілетіндігін атап өтті.